MUSEO CIVICO ARCHEOLOGICO.
Si trova lungo il portico del Pavaglione e ospita, in particolare, collezioni preistoriche ed etrusche e ha una notevole sezione egizia.

MUSEO CIVICO MEDIEVALE ( via Manzoni, 4 ).
Si trova nel quattrocentesco palazzo Ghisilardi-Fava, non lontano da Piazza Maggiore. La raccolta, ricca di materiali non solo locali, è significativa per la storia dell’università bolognese poiché documenta, con le molte lastre tombali dedicate ai suoi maestri, l’attività degli Studi. Tra le più interessanti ricordiamo la lastra tombale di Domenico Garganelli, sola opera scultorea conosciuta del ferrarese Francesco del Cossa, la statua di Bonifacio VIII, in bronzo, rame battuto e dorato, di Manno Bandini da Siena (1287-1316 c. ) e la lastra tombale di Pietro Canonici, maestro universitario, in pietra policroma di scultore bolognese ( inizio del secolo XVI ).

MUSEO DI ANATOMIA UMANA ( via Irnerio, 48 ).
Per quanto al di fuori dei consueti itinerari artistici, il Museo di anatomia umana è uno dei più affascinanti tra i piccoli musei della città. Inizialmente istituito nel 1742 come laboratorio di anatomia, divenne poi museo nel 1907; ora vi si trova una collezione di visceri in cera. Vi sono numerosi modelli di organi, arti e membra, che furono utilizzati come strumento didattico fino al XIX secolo. Questi oggetti, essendo stati scolpiti uno ad uno, e non riprodotti in calchi di gesso, hanno anche un valore artistico, oltre che scientifico.

MUSEO DI ASTRONOMIA ( via Zamboni, 33).
Nato nel 1979, conserva gran parte degli strumenti scientifici dal Settecento in poi. É ospitato nelle stanze dell’antica Specola, una torre costruita da Giuseppe Antonio Torri negli anni 1712-25, accanto al cortile di palazzo Poggi, che serviva per le attività di osservazione: la Sala Meridiana, la Sala della Torretta e la recente Sala dei Globi. La prima, costruita nel 1727, venne progettata per rendere possibile l’osservazione degli astri al passaggio in meridiana. Oggi la sala ospita il semicircolo murale del Lusverg, alcuni quadranti mobili del bolognese Sante Menini e dello stesso Lusverg, nonché gli originali strumenti del Sisson. Nella Sala della torretta invece, si possono ammirare, tra l’altro, alcuni telescopi del ‘700 ( sia a lenti che a specchio), opera dell’inglese Dollond.

PINACOTECA NAZIONALE ( via Belle Arti, 56 ).
La principale galleria d’arte della città è anche una delle più importanti d’Italia. Ha sede in un edificio già noviziato della Compagnia di Gesù e fu costituita nel 1796, quando il Senato bolognese riunì in pubblica collezione tutte le opere provenienti da chiese e conventi soppressi per evitare il loro trasferimento in Francia voluto da Napoleone. Nel 1816 anche le 36 tele inviate a Parigi furono rese grazie all’interessamento di Antonio Canova. Arricchita con lasciti e donazioni, vanta una ricchissima collezione di maestri primitivi, del Rinascimento e del barocco bolognese, anche se sono ben rappresentati gli altri periodi. La raccolta è molto importante soprattutto per la conoscenza della pittura bolognese dal sec. XIV al XVIII ( Vitale da Bologna, Guido Reni, il Guercino e i Carracci, ecc. ).